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三維基因組Hi-C技術解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整個細胞核為研究對象，利用高通量測序技術，結合生物信息分析方法，研究全基因組范圍內整個染色質DNA在空間位置上的關系，獲得高分辨率的染色質調控元件相互作用圖譜。Hi-C可以與RNA-Seq、ChIP-Seq等數(shù)據(jù)進行聯(lián)合分析，從基因調控網(wǎng)絡和表觀遺傳網(wǎng)絡來闡述生物體性狀形成的相關機制。
一、技術優(yōu)勢
1、無需專門構建群體，單個樣本實現(xiàn)輔助基因組組裝；
2、率高，人類基因組錨定染色體率為98%，排序和定；
3、周期短，性價比高。
二、技術流程
1、用甲醛對細胞進行固定，使DNA與蛋白，蛋白與蛋白之間進行交聯(lián)；
2、進行酶切（如Hind III等限制性內切酶），使交聯(lián)兩側產(chǎn)生粘性末端；
3、末端修復，引入生物素標記，連接；
4、解交聯(lián)，使DNA和蛋白、蛋白和蛋白分開，提取DNA，打斷，捕獲帶有生物素標記片段，進行建庫； 5、測序。
三、生物信息學分析流程
四、輔助基因組組裝流程
五、應用領域
1．染色體跨度的單倍型圖譜構建 為疾病風險預測提供思路 為腫瘤形成機制提供依據(jù)
為農業(yè)動植物經(jīng)濟性狀連鎖標記及基因組進化奠定基礎
2．探索基因組的3D結構
有助于了解基因組折疊對基因表達的影響
有助于了解基因組三維結構對細胞發(fā)育，分化及細胞命運的決定
3．開發(fā)調控基因的DNA元件
揭示基因組遠程調控元件介導的分子網(wǎng)絡
通過分析調控元件空間互作熱點，開發(fā)潛在的藥物作用靶點
4．Hi-C輔助基因組組裝 輔助動植物基因組組裝
宏基因組組裝及菌群分類
六、送樣要求
1、細胞交聯(lián)
2.5×106細胞量滿足一個標準Hi-C文庫，建議培養(yǎng)5×107至1×108，保證實驗可重復性
2、組織DNA
提供組織DNA量為15-20ug
3、運輸方式 足量干冰運輸