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新品上新|植物rRNA去除試劑盒，看得見的去除效率！
近，有小伙伴私信小翊，抱怨轉(zhuǎn)錄組建庫，后得到的有效信息和耗費的財力、物力、人力、時間相比，簡直是九牛二毛。歸根到底，竟是rRNA惹的禍。
轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）是指在某一特定生理條件下，細胞、組織或者生物體內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的集合，即轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括編碼RNA（mRNA）和非編碼RNA（tRNA、rRNA、miRNA、lncRNA、circRNA）等不同類型的RNA分子，其中，rRNA約占RNA總量的 80%以上，是多的一類RNA。
圖1：總RNA中各種RNA占比餅狀圖
rRNA作為總RNA中///豐富的成員，提供的轉(zhuǎn)錄本信息卻少之又少，且檢測過多會掩蓋其它基因的表達豐度，從而增加低豐度轉(zhuǎn)錄本的檢測難度。因此，通常在測序之前從總RNA樣品中去除rRNA，rRNA去除的效率也被視為///大化讀取到轉(zhuǎn)錄物的關(guān)鍵因素。
新品簡介
翊圣生物新推出植物rRNA去除試劑盒Hieff NGS® MaxUp rRNA Depletion Kit (Plant)（#12254），滿足客戶rRNA去除的多元化需求，致力于將轉(zhuǎn)錄本信息讀取做到///大化。
圖2：植物rRNA去除試劑盒
Hieff NGS® MaxUp rRNA Depletion Kit (Plant)利用RNase H消化法去除植物來源總RNA中的核糖體RNA（包括細胞質(zhì)18S、25S rRNA，線粒體18S、26S rRNA，葉綠體16S、23S rRNA）以保留信使RNA（mRNA）和其它非編碼RNA。該試劑盒對于完整和部分降解的總RNA均具有良好的rRNA去除效果。經(jīng)rRNA去除所獲得的RNA樣本可用于高通量測序分析mRNA和非編碼RNA，可顯著提高測序結(jié)果中有效數(shù)據(jù)比例，也可用于cDNA合成或其它下游應用。
產(chǎn)品特點
圖3：植物rRNA去除試劑盒特點
操作流程
圖4：植物rRNA去除操作流程
產(chǎn)品數(shù)據(jù)
1、不同起始量，rRNA的去除效率測試
不同Input量的擬南芥葉片RNA，使用12254進行rRNA去除后銜接12251構(gòu)建鏈特異性文庫，并進行 Illumina 雙端測序（2 × 150 bp），分析下機數(shù)據(jù)中rRNA的占比。結(jié)果表明：測試的所有起始量均能有效去除rRNA。
圖5：不同投入量，rRNA去除效率圖
2、重復實驗相關(guān)性測試
1μg擬南芥葉片RNA，使用12254進行rRNA去除后銜接12251構(gòu)建鏈特異性文庫，實驗進行3次重復。文庫分別進行 Illumina 雙端測序（2 × 150 bp），分析下機數(shù)據(jù)不同轉(zhuǎn)錄本的表達量。結(jié)果表明：3次重復轉(zhuǎn)錄本表達相關(guān)性保持一致。
圖6：植物rRNA去除試劑重復實驗相關(guān)性測試圖
3、不同投入量相關(guān)性測試
不同Input量的擬南芥葉片RNA，使用12254進行rRNA去除后銜接12251構(gòu)建鏈特異性文庫，并進行 Illumina 雙端測序（2 × 150 bp），分析下機數(shù)據(jù)不同轉(zhuǎn)錄本的表達量。結(jié)果表明：測試的所有起始量轉(zhuǎn)錄本表達相關(guān)性保持一致。
圖7：植物rRNA去除試劑不同投入量相關(guān)性測試圖
4、多個物種的rRNA去除效率測試
不同物種來源的1 μg Total RNA，使用12254進行rRNA去除后銜接12251構(gòu)建鏈特異性文庫，同時構(gòu)建未去除的文庫，并進行 Illumina 雙端測序（2 × 150 bp），分析下機數(shù)據(jù)不同物種在去除前后rRNA的占比。結(jié)果表明：針對多種植物來源RNA，該試劑盒均能有效去除rRNA。
圖8：多物種rRNA去除效率測試圖
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